2008年5月中下旬，全国政协社法委和民革中央组成联合调研组，赴安徽、广东、云南三省就水资源司法保护问题进行调研。通过实地考察发现，我国水资源污染形势非常严峻，加大水资源的司法保护力度，已成为当务之急。但是从司法实践来看，水资源保护还存在一些困难和问题：我国大江大湖现行的行政区划条块分割，流域管理乏力，缺乏有效的监督管理手段和机制，是我国水资源保护最根本的症结；跨行政区域的大江大湖水污染案件受理存在障碍，跨区域水资源司法保护难；水污染案件诉讼启动难、审理难；司法保护职能分散；环境公益诉讼制度的缺失，导致我国对污染企业的惩处不力。

对此，我们提出以下建议：一、进一步完善水资源立法，建立健全以新《水法》和《水污染防治法》、《环境保护法》为中心的水资源保护配套法律法规，明确水资源污染的损害赔偿标准，加大对涉水违法犯罪行为的打击力度，为依法治水提供保障。二、成立专门的环保法庭，以司法手段来保护环境是国际社会在环境保护方面的一个重要趋势。三、充分发挥我国现有十个海事法院（分布在沿海和长江的十个重点流域）按流域划分、跨行政区域设置的特点和优势，加大对我国水资源司法保护的力度，建议最高人民法院通过司法解释的方式，赋予海事法院管辖跨省市区的流域性水资源保护案件，以解决全国水污染案件的专属管辖问题。四、尽快建立环境公益诉讼制度。五、充分发挥公众参与环保的积极性，发动公民积极协助并监督政府进行环境管理，在政府与公众之间形成良性互动并且为公众参与提供制度保障。